Molecular del VIH
IRYCIS-Hospital Ramón y Cajal
Molecular del VIH
IRYCIS-Hospital Ramón y Cajal
Resumen de funciones de Epimolbio
VIRUS
VIH
Calcula el porcentaje de MDR adquiridas y transmitidas, según una secuencia de referencia, en secuencias de AA de las proteínas Pol y Cápside del VIH.
Detecta cualquier mutación (no solo MDR) en el VIH-1 o VIH-2 a partir de secuencias de las proteínas Pol, y calcula su frecuencia en relación con la secuencia de referencia.
Genera una tabla que muestra el AA más prevalente y su porcentaje en cada posición dentro de la secuencia seleccionada de la proteína Pol, facilitando la identificación del residuo más conservado para cada posición.
SARS-CoV-2
Proporciona secuencias en formato .fasta (en NT o AA) de las proteínas seleccionadas de SARS-CoV-2 a partir de genomas completos.
VARIABILIDAD
Marcadores detecta mutaciones exclusivas de cada archivo en comparación con el resto de los archivos de entrada.
Mutaciones Múltiples detecta combinaciones de mutaciones proporcionando su frecuencia de aparición.
Codones detecta los codones que son diferentes de los de la secuencia de referencia y su frecuencia de ocurrencia.
Mutaciones por Posición permite la detección de residuos en una o varias posiciones combinadas proporcionando su frecuencia de aparición.
Determina el nivel de conservación de secuencias de interés determinando el residuo más prevalente y su correspondiente porcentaje. Además, genera secuencias de consenso.
La función Codones presenta el codón más conservado a partir de una secuencia de nucleótidos.
Proporciona secuencias de consenso y consensos de consensos mediante múltiples rondas de análisis.
Proporciona el coeficiente de variabilidad de Wu-Kabat de secuencias de proteínas para estudiar la susceptibilidad a reemplazos evolutivos de una posición de AA.
Genera un conjunto de parámetros relacionados con la frecuencia de mutaciones en un grupo de secuencias, como la frecuencia de mutación, el porcentaje de conservación y el promedio de mutaciones por secuencia. Utiliza BioJava 5.
homología
Busca una secuencia diana introducida por el usuario entre las secuencias del archivo de entrada, obteniendo la proporción de secuencias por archivo que contienen la secuencia diana.
Compara una secuencia introducida por el usuario con las secuencias de entrada para buscar regiones similares entre ellas, definiendo el porcentaje de similitud entre las secuencias. Utiliza BioJava 5.
Extrae fragmentos conservados de un conjunto de secuencias de entrada. Permite buscar dentro de una región específica, elegir la longitud del fragmento y establecer su porcentaje de conservación.
RASTREADOR
Busca secuencias de interés dentro de un conjunto de secuencias más largas según una secuencia de referencia.
Busca proteínas dentro de un conjunto de secuencias completas utilizando las secuencias flanqueantes de la proteína diana.
ALINEAMIENTOS
Alinea secuencias de AA y NT utilizando MUSCLE v3.8.31.
Genera un gráfico donde las secuencias se comparan trazando puntos en una matriz bidimensional, con cada eje representando una secuencia.
Elimina automáticamente las inserciones de una secuencia con respecto a una referencia con gaps tras realizar el alineamiento.
HERRAMIENTAS
Edición de Archivos
Combina varios archivos .fasta en un único archivo .fasta.
Elimina las secuencias repetidas de uno o varios archivos .fasta.
Filtra secuencias de archivos .fasta que contienen una o varias mutaciones elegidas por el usuario.
Reemplaza una serie de caracteres por otros tanto en el encabezado como en la secuencia genética de uno o varios archivos .fasta.
Filtros
Filtra uno o varios archivos .fasta utilizando los parámetros de sus encabezados.
Filtra secuencias de uno o varios archivos .fasta utilizando los parámetros de sus encabezados.
Filtra secuencias de archivos.fasta según su calidad, en función de la cantidad de «?» (secuencias en AA) o «N» (secuencias en NT) que contienen.
Otras Herramientas
Traduce secuencias .fasta de NT a AA.
Cuenta el número total de secuencias en uno o varios archivos .fasta, o cuántas de estas secuencias contienen mutaciones.
Automatiza las funciones del programa encadenándolas para que se ejecuten secuencialmente sin intervención manual.
VIRUS
VIH
Calcula el porcentaje de MDR adquiridas y transmitidas, según una secuencia de referencia, en secuencias de AA de las proteínas Pol y Cápside del VIH.
Detecta cualquier mutación (no solo MDR) en el VIH-1 o VIH-2 a partir de secuencias de las proteínas Pol, y calcula su frecuencia en relación con la secuencia de referencia.
Genera una tabla que muestra el AA más prevalente y su porcentaje en cada posición dentro de la secuencia seleccionada de la proteína Pol, facilitando la identificación del residuo más conservado para cada posición.
SARS-CoV-2
Proporciona secuencias en formato .fasta (en NT o AA) de las proteínas seleccionadas de SARS-CoV-2 a partir de genomas completos.
VARIABILIDAD
Posiciones Mutadas y Tabla Mutaciones detectan polimorfismos, informando sobre su ubicación y frecuencia de aparición utilizando cualquier secuencia introducida por el usuario como referencia.
Marcadores detecta mutaciones exclusivas de cada archivo en comparación con el resto de los archivos de entrada.
Mutaciones Múltiples detecta combinaciones de mutaciones proporcionando su frecuencia de aparición.
Codones detecta los codones que son diferentes de los de la secuencia de referencia y su frecuencia de ocurrencia.
Mutaciones por Posición permite la detección de residuos en una o varias posiciones combinadas proporcionando su frecuencia de aparición.
Determina el nivel de conservación de secuencias de interés determinando el residuo más prevalente y su correspondiente porcentaje. Además, genera secuencias de consenso.
La función Codones presenta el codón más conservado a partir de una secuencia de nucleótidos.
Proporciona secuencias de consenso y consensos de consensos mediante múltiples rondas de análisis.
Proporciona el coeficiente de variabilidad de Wu-Kabat de secuencias de proteínas para estudiar la susceptibilidad a reemplazos evolutivos de una posición de AA.
Genera un conjunto de parámetros relacionados con la frecuencia de mutaciones en un grupo de secuencias, como la frecuencia de mutación, el porcentaje de conservación y el promedio de mutaciones por secuencia.
HOMOLOGIA
Busca una secuencia diana introducida por el usuario entre las secuencias del archivo de entrada, obteniendo la proporción de secuencias por archivo que contienen la secuencia diana.
Compara una secuencia introducida por el usuario con las secuencias de entrada para buscar regiones similares entre ellas, definiendo el porcentaje de similitud entre las secuencias.
Extrae fragmentos conservados de un conjunto de secuencias de entrada. Permite buscar dentro de una región específica, elegir la longitud del fragmento y establecer su porcentaje de conservación.
RASTREADOR
Busca secuencias de interés dentro de un conjunto de secuencias más largas según una secuencia de referencia.
Busca proteínas dentro de un conjunto de secuencias completas utilizando las secuencias flanqueantes de la proteína diana.
ALINEAMIENTOS
Alinea secuencias de AA y NT utilizando MUSCLE v3.8.31.
Genera un gráfico donde las secuencias se comparan trazando puntos en una matriz bidimensional, con cada eje representando una secuencia.
Elimina automáticamente las inserciones de una secuencia con respecto a una referencia con gaps tras realizar el alineamiento.
HERRAMIENTAS
Edición de Archivos
Combina varios archivos .fasta en un único archivo .fasta.
Elimina las secuencias repetidas de uno o varios archivos .fasta.
Filtra secuencias de archivos .fasta que contienen una o varias mutaciones elegidas por el usuario.
Reemplaza una serie de caracteres por otros tanto en el encabezado como en la secuencia genética de uno o varios archivos .fasta.
FILTROS
Filtra uno o varios archivos .fasta utilizando los parámetros de sus encabezados.
Filtra secuencias de uno o varios archivos .fasta utilizando los parámetros de sus encabezados.
Filtra secuencias de archivos .fasta según su calidad, en función de la cantidad de «?» (secuencias en AA) o «N» (secuencias en NT) que contienen.
OTRAS HERRAMIENTAS
Traduce secuencias .fasta de NT a AA.
Cuenta el número total de secuencias en uno o varios archivos .fasta, o cuántas de estas secuencias contienen mutaciones.
Automatiza las funciones del programa encadenándolas para que se ejecuten secuencialmente sin intervención manual.